養殖業廢水屬於富含大量病原體的高濃度有機廢水，直接排放進入水體或存放地點不合適，受雨水衝洗進入水體，將可能造成地表水或地下水水質的嚴重惡化。由於畜禽糞尿的淋溶性很強，糞尿中的氮、磷及水溶性有機物等淋溶量很大，如不妥善處理，就會通過地表徑流和滲濾進入地下水層汙染地下水。

養殖廢水中含有大量環鏈有機化合物(高濃度COD)、疊氮類無機化 合物(尿酸)和氨氮、懸浮物等，這些物質無論是進入水體(如排入地麵水體或 滲入地下水體)，還是其中的一些物質釋放進入大氣，他們都會直接的或間接地對動、植物產生嚴重的危害，破壞生態環境。

對地表水的影響則主要表現為，大量有機物質進入水體後，有機物的分解將大量消耗水中的溶解氧，使水體發臭；當水體中的溶解氧大幅度下降後，大量有機物質可在厭氧條件下繼續分解，分解中將會產生甲烷、硫化氫等有毒氣體，導致水生生物大量死亡；廢水中的大量懸浮物可使水體渾濁，降低水中藻類的光合作用，限製水生生物的正常活動，使對有機物汙染敏感的水生生物逐漸死亡，從而進一步加劇水體底部缺氧，使水體同化能力降低；氮、磷可使水體富營養化，富營養化的結果會使水體中硝酸鹽和亞硝酸鹽濃度過高，人畜若長期飲用會引起中毒，而一些有毒藻類的生長與大量繁殖會排放大量毒素於水體中，導致水生動物的大量死亡，從而嚴重地破壞了水體生態平衡；糞尿中的一些病菌、病毒等隨水流動可能導致某些流行病的傳播等。

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