農場汙水主要由殘餘糞便、飼料殘渣和衝洗水組成，一些工廠還包括生產過程中產生的生活汙水。前者是主體，衝洗水占絕大多數。農場汙水的水質特征與畜禽舍的結構、糞便的清洗方式、衝洗水的使用、飼料營養、畜禽的消化功能和生產管理有關。由於水產養殖的糞便中含有大量的氮、磷、懸浮物、致病菌、重金屬元素和獸藥殘留，如果這些汙染物得不到妥善處理，一旦進入自然水體和農田將會造成嚴重的環境汙染。

水產養殖汙水屬於富含大量病原體的高濃度有機汙水，直接排入進入水體或存放在不合適的地方，被雨水進入水體衝刷，可能導致地表水或地下水水質嚴重惡化。由於畜禽糞便的強淋溶作用，糞便中氮、磷和水溶性有機物的淋溶量非常大。如果處理不當，地下水將受到地表徑流和滲透的汙染進入。

對地表水的影響主要表現在：水中含有大量有機物進入後，有機物的分解會消耗大量水中的溶解氧，使水發臭;當水中的溶解氧大大減少時，大量的有機物在厭氧條件下會繼續分解，分解過程中會產生甲烷和硫化氫等有毒氣體，導致大量水生生物死亡。

汙水中大量的懸浮固體會使水渾濁，降低水中藻類的光合作用，限製水生生物的正常活動，使對有機汙染敏感的水生生物逐漸死亡，從而進一步加劇水體底部的缺氧，降低水體的同化能力;氮和磷會使水體富營養化。由於富營養化，水體中硝酸鹽和亞硝酸鹽的濃度會過高。如果人和動物長時間飲用它，會引起中毒。一些有毒藻類的生長和大量繁殖會向水體排放大量毒素，導致大量水生動物死亡，從而嚴重破壞水體的生態平衡。糞便和尿液中的一些細菌和病毒隨水流動，這可能導致一些流行病的傳播。

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